Trường THCS An Thạnh tiền thân là Trường THPT Hồng Ngự 1 toạ lạc tại ấp An Thạnh A2 thị trấn Hồng Ngự; nằm giữa 2 con đường lớn là đường Hùng Vương (Quốc lộ 30) và đường Ngô Quyền, với tổng diện tích mặt bằng được giao là 27.334 m2. Trường được xây dựng vào năm 1990 ban đầu chỉ vỏn vẹn có 12 phòng học kiên cố lầu. Sau đó phát triển dần được 30 phòng gồm 25 phòng học và 5 phòng chức năng.
Đến tháng 08/2000 do yêu cầu phát triển, trường THCS thị trấn được thành lập theo Quyết định 390/QĐ-UB ngày 26/7/2000 của UBND huyện Hồng Ngự trên cơ sở vật chất và mặt bằng của trường THPT Hồng Ngự 1.
Năm học 2000-2001 là năm học đầu tiên của trường với tổng số nhân sự là 54 CB - GV/23 nữ, có 13 giáo viên đạt trình độ Đại học, 28 giáo viên đạt Cao đẳng và 5 giáo viên Sư phạm cấp 2.
Trường có 40 lớp/1.704 học sinh chia ra khối 6: 17 lớp, khối 7: 9 lớp, khối 8: 8 lớp và khối 9: 6 lớp. Cuối năm số học sinh bỏ học là 136 em chiếm tỷ lệ 7,98%, tỷ lệ TN THCS là 96,42%.
- Ngày 26/5/2009 Trường được đổi tên thành Trường THCS An Thạnh thị xã Hồng Ngự theo Quyết định số 263/QĐ-UBND HC của Chủ tịch UBND thị xã Hồng Ngự.
Và cũng từ đây diện mạo của trường đã thay đổi đáng kể. Hầm hố phía sau dãy lầu đã được san lấp, bàn ghế các phòng học được trang bị mới, thiết bị dạy học được đầu tư đáng kể xứng tầm là trường trọng điểm của Thị xã mới.
Năm học 2009-2010 trường vẫn duy trì tốt kết quả phổ cập THCS, số học sinh giỏi khối 9 đạt vòng thị xã 19 em, trong đó có nhiều giải nhất và nhì, số học sinh đạt huy chương vàng, bạc, đồng trong Hội khỏe phù đổng cấp thị xã tăng đáng kể: 41 giải cá nhân và tập thể và đã đạt nhiều huy chương tại HKPĐ cấp tỉnh.
Đối với giáo viên năm học này cũng gặt hái nhiều thành quả đáng kể, số giáo viên đạt danh hiệu giáo viên giỏi cấp Thị xã là 14 giáo viên, đạt cấp Tỉnh là 10 giáo viên, trong đó có 1 giáo viên đạt danh hiệu Viên phấn vàng.
Năm học 2010-2011, 2011-2012, 2012-2013, 2013-2014, Trường vẫn duy trì tốt các kết quả đạt được tỷ lệ học sinh khá giỏi tăng, giảm tỷ lệ học sinh yếu kém và tỷ lệ bỏ học, các phong trào thi đua đều đạt kết quả cao. Đến ngày 17/02/2014 Trường dời về điểm mới khóm An Thành phường An Thạnh với diện tích  9.797.50m2 với 30 phòng học.